Der Orden wird vom Großmeister regiert, unterstützt von der Königlichen Deputation, aus deren Mitte der Regierungsrat des Ordens hervorgeht. Die Mitglieder der Königlichen Deputation werden vom Großmeister ernannt und scheiden mit dessen Tod aus dem Amt.

Die hohen Würdenträger des Ordens sind Kraft Amtes Mitglieder der Königlichen Deputation:

• der Großpräfekt (vertritt den Großmeister während dessen Krankheit, Abwesenheit, oder bei Minderjährigkeit),
• der Vizegroßpräfekt,
• der Präsident der Königlichen Deputation, der Großkanzler,
• der Vizegroßkanzler,
• der Großprior,
• die Vizegroßpriore,
• der Generalauditor,
• der Vizegeneralauditor,
• der Großschatzmeister und
• der Sekretär.

Ebenso gehören ihr die Präsidenten der Königlichen Kommissionen an sowie jene weiteren Ordensmitglieder, die aufgrund außergewöhnlicher Verdienste vom Großmeister zu Räten ernannt werden.

Die Großkanzlei ist erreichbar per E-Mail grancancilleria@smocsj.org.

Die Postanschrift lautet:

Gran Cancillería

C/General Díaz Porlier 14 (bajo A)

28001 Madrid, Spanien